Phòng khám tư được Thuế cơ sở mời làm việc thường xoay quanh hai câu hỏi: doanh thu từ tiền khám, xét nghiệm, thủ thuật, thuốc (nếu có) thu qua tiền mặt, chuyển khoản, thẻ và bảo hiểm có khớp với tờ khai không; và khoản chi cho bác sĩ, kỹ thuật viên cộng tác ngoài giờ đã khấu trừ, khai thuế thu nhập cá nhân đúng chưa. Chuẩn bị riêng hai bộ số liệu, và cử đúng người cho từng phần, là cách để buổi làm việc gọn.
Phòng khám có thể là doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh; cách khai khác nhau nhưng hai câu hỏi trên thì giống nhau. Bài viết dùng góc nhìn chung, chỗ nào khác biệt sẽ nói rõ.
Vì sao phòng khám hay được hỏi
- Nhiều nguồn thu khác bản chất: bệnh nhân trả trực tiếp, cơ quan bảo hiểm thanh toán theo đợt, công ty trả tiền khám sức khoẻ định kỳ cho nhân viên, bảo hiểm thương mại thanh toán hộ.
- Tỷ lệ tiền mặt cao ở nhiều phòng khám nhỏ, nhất là ở tỉnh.
- Nhân lực chủ yếu là cộng tác: bác sĩ bệnh viện làm ngoài giờ, trả theo ca hoặc theo phần trăm. Khoản chi này lớn, dễ thiếu hợp đồng, thiếu chứng từ khấu trừ.
- Chi phí vật tư, thuốc, xét nghiệm gửi ngoài nhiều hoá đơn đầu vào, trong khi doanh thu khai tăng chậm hơn.
Bộ số liệu thứ nhất: doanh thu theo nguồn
Dựng bảng theo tháng, mỗi nguồn một cột:
| Nguồn | Lấy số ở đâu | Hay lệch vì |
|---|---|---|
| Bệnh nhân trả tại quầy (tiền mặt, thẻ, chuyển khoản) | Phần mềm quản lý phòng khám, sổ thu | Phiếu thu huỷ, miễn giảm cho người quen không ghi |
| Cơ quan bảo hiểm xã hội thanh toán khám chữa bệnh bảo hiểm y tế | Biên bản quyết toán, thông báo thanh toán theo đợt | Thanh toán trễ kỳ, bị xuất toán một phần |
| Doanh nghiệp thuê khám sức khoẻ | Hợp đồng, biên bản nghiệm thu, hoá đơn | Lập hoá đơn gộp cuối đợt, tiền về sau |
| Bảo hiểm thương mại thanh toán hộ | Bảng đối soát với công ty bảo hiểm | Bệnh nhân đã trả trước rồi được hoàn |
Tổng các cột, đối chiếu với doanh thu đã khai và hoá đơn đã lập. Ghi rõ nguyên nhân từng khoản lệch — nhất là phần bảo hiểm y tế bị xuất toán, vì đó là doanh thu đã ghi nhận nhưng không thu được, phải có văn bản của cơ quan bảo hiểm.
Bộ số liệu thứ hai: thù lao bác sĩ, kỹ thuật viên
Với người làm cộng tác không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng dưới 3 tháng, phòng khám trả thu nhập từ 2 triệu đồng/lần trở lên thì khấu trừ 10% trước khi trả, trừ trường hợp người nhận có bản cam kết theo mẫu do đủ điều kiện thu nhập thấp. Chuẩn bị:
- Danh sách người cộng tác theo tháng: họ tên, số định danh cá nhân (dùng thay mã số thuế cá nhân từ 1/7/2025), số tiền trả, số đã khấu trừ.
- Hợp đồng cộng tác hoặc hợp đồng dịch vụ với từng người.
- Bảng chấm ca hoặc bảng tính phần trăm, khớp với số tiền trả.
- Chứng từ trả tiền (chuyển khoản là tốt nhất) và chứng từ khấu trừ thuế đã cấp cho người nhận.
- Bản cam kết của những người không bị khấu trừ, nếu có.
- Tờ khai thuế thu nhập cá nhân phòng khám đã nộp theo kỳ và quyết toán năm.
Chỗ hay vướng nhất: trả thành nhiều lần nhỏ dưới 2 triệu đồng cho cùng một người trong cùng một đợt công việc. Nếu bản chất là một khoản thù lao, cách chia nhỏ này dễ bị xem là né khấu trừ. Trả đúng theo hợp đồng và chấm ca thực tế, đừng xé lẻ.
Ai nên đi làm việc
| Phần | Người nên trả lời | Lý do |
|---|---|---|
| Doanh thu, hoá đơn | Kế toán hoặc người làm sổ | Nắm số, đọc được bảng đối chiếu |
| Quy trình thu tiền tại quầy, bảo hiểm y tế | Quản lý phòng khám | Biết thực tế tiếp đón, thu tiền, lập phiếu |
| Chế độ trả cho bác sĩ, cách tính ca | Chủ phòng khám hoặc người ký hợp đồng | Quyết định chính sách trả thù lao |
Không nên để bác sĩ phụ trách chuyên môn đi một mình trả lời về số liệu. Nếu người đứng tên phòng khám bận khám bệnh, uỷ quyền bằng văn bản cho người nắm số, ghi rõ phạm vi.
Ví dụ giả định: phòng khám đa khoa nhỏ ở thị xã
Giả sử một phòng khám là doanh nghiệp nhỏ, doanh thu khai năm trước 5 tỷ đồng, trả thù lao cho 12 bác sĩ làm ngoài giờ tổng khoảng 1,8 tỷ. Thuế cơ sở mời làm việc vì hai điểm: tiền cơ quan bảo hiểm chuyển về trong năm cao hơn phần doanh thu bảo hiểm y tế đã khai; và số thuế thu nhập cá nhân khấu trừ thấp so với tổng chi thù lao.
Khi rà lại: tiền bảo hiểm chuyển về gồm cả khoản thanh toán quý 4 năm trước đó — phòng khám đã ghi doanh thu năm trước, nên không thiếu. Còn phần thù lao: bốn bác sĩ được trả theo tuần, mỗi lần dưới 2 triệu đồng, nên phòng khám không khấu trừ. Tổng mỗi tháng của mỗi người đều vượt nhiều lần ngưỡng này.
Phòng khám trình bảng đối chiếu bảo hiểm theo kỳ quyết toán cho điểm thứ nhất. Với điểm thứ hai, phòng khám nhận thiếu sót, khai bổ sung tờ khai thuế thu nhập cá nhân, nộp số chưa khấu trừ cùng tiền chậm nộp, và đổi cách trả sang theo tháng có hợp đồng rõ ràng.
Những hiểu lầm hay gặp ở phòng khám
- “Bác sĩ đã có lương bệnh viện, tự họ quyết toán.” Việc bác sĩ tự quyết toán không bỏ nghĩa vụ khấu trừ của phòng khám khi trả thù lao.
- “Tiền bảo hiểm chưa về thì chưa phải khai.” Doanh thu xác định theo nguyên tắc ghi nhận của từng loại thuế, không đơn giản theo ngày tiền về. Hỏi rõ kế toán cách ghi nhận cho đúng.
- “Miễn phí cho người quen thì không ghi.” Nên ghi nhận và có chính sách miễn giảm rõ ràng, để doanh thu và số lượt khám khớp nhau khi bị hỏi.
- “Dịch vụ y tế không chịu thuế giá trị gia tăng nên không cần hoá đơn.” Không chịu thuế giá trị gia tăng không có nghĩa là không lập hoá đơn. Kiểm tra quy định hoá đơn hiện hành cho hoạt động của phòng khám.
Một tuần trước buổi làm việc: lịch chuẩn bị
Phòng khám bận tiếp bệnh cả ngày, việc chuẩn bị dễ bị dồn vào tối hôm trước. Chia ra một tuần cho nhẹ:
- Ngày 1: đọc thư mời, gọi số trên thư để hỏi rõ kỳ, nội dung, danh mục tài liệu. Giao việc cho kế toán và quản lý.
- Ngày 2–3: kế toán xuất báo cáo doanh thu theo nguồn từ phần mềm, tải hoá đơn, đối chiếu với tờ khai; quản lý gom biên bản quyết toán bảo hiểm y tế theo kỳ.
- Ngày 4: lập danh sách người cộng tác, đối chiếu bảng chấm ca với chứng từ trả tiền và chứng từ khấu trừ đã cấp. Tìm hợp đồng còn thiếu.
- Ngày 5: chủ phòng khám ngồi với kế toán nửa giờ, đọc hai bảng đối chiếu, thống nhất những điểm sẽ nhận thiếu sót và những điểm sẽ giải thích.
- Ngày 6: in, đánh số, đóng cặp; chuẩn bị giấy uỷ quyền nếu người đi không phải người đứng tên.
Lịch này nghe dài, nhưng mỗi ngày chỉ một hai giờ. Điều quan trọng là bước ngày 5: chủ phòng khám phải biết trước điều gì sẽ được nói trong buổi làm việc, thay vì nghe lần đầu từ miệng cán bộ thuế.
Nếu phát hiện thiếu sót ngay trong tuần chuẩn bị — chẳng hạn chưa khấu trừ cho một số bác sĩ — hỏi người tư vấn hoặc kế toán về việc khai bổ sung trước ngày hẹn. Đến buổi làm việc với tờ khai bổ sung đã nộp thường làm câu chuyện đơn giản hơn nhiều.
Tự kiểm tra ở đâu
- Tài khoản thuế điện tử: tờ khai doanh thu, tờ khai thuế thu nhập cá nhân khấu trừ, quyết toán năm, thông báo của Thuế cơ sở.
- Cổng hoá đơn điện tử: hoá đơn đã lập cho doanh nghiệp thuê khám sức khoẻ, cho bảo hiểm.
- Trang tra cứu thông tin người nộp thuế: kiểm tra số định danh, thông tin thuế của người cộng tác nếu cần đối chiếu.
- Biên bản quyết toán với cơ quan bảo hiểm xã hội: số được thanh toán, số bị xuất toán theo từng kỳ.
Câu hỏi thường gặp
Bác sĩ cộng tác không muốn bị khấu trừ thì làm sao?
Phòng khám vẫn phải khấu trừ nếu khoản trả thuộc diện khấu trừ, trừ khi người nhận đủ điều kiện và làm bản cam kết theo mẫu. Giải thích với bác sĩ rằng số khấu trừ được tính vào số thuế khi họ quyết toán, có thể được hoàn nếu nộp thừa.
Phòng khám là hộ kinh doanh thì có phải khấu trừ thù lao bác sĩ không?
Nghĩa vụ khấu trừ khi trả thu nhập áp dụng với tổ chức, cá nhân trả thu nhập theo quy định; hộ kinh doanh cũng có thể thuộc diện này tuỳ trường hợp. Hỏi Thuế cơ sở quản lý hoặc tra văn bản hiện hành về thuế thu nhập cá nhân.
Tiền bảo hiểm bị xuất toán có được giảm doanh thu không?
Cần có văn bản của cơ quan bảo hiểm về số bị xuất toán và hạch toán theo đúng hướng dẫn kế toán, thuế. Mang văn bản này khi làm việc để giải thích chênh lệch.
Có nên trả thù lao bằng tiền mặt cho nhanh không?
Nên trả qua chuyển khoản để có chứng từ, dễ đối chiếu với bảng chấm ca và chứng từ khấu trừ. Tiền mặt không sai về mặt thanh toán thù lao nhưng khó chứng minh khi được hỏi.
Buổi làm việc có hỏi về hồ sơ bệnh án không?
Cơ quan thuế quan tâm số liệu doanh thu, chi phí, không phải nội dung chuyên môn. Nếu cần chứng minh số lượt khám, chỉ nên cung cấp số liệu tổng hợp, tránh đưa thông tin sức khoẻ của người bệnh.
